Remiantis FDA ataskaitomis, dažniausiai pasitaikantis šalutinis semaglutido poveikis yra pykinimas, viduriavimas, vėmimas, vidurių užkietėjimas, pilvo skausmas, pilvo pūtimas, galvos svaigimas, galvos skausmas, virškinimo sutrikimai, hipoglikemija, gastroenteritas ir gastroezofaginio refliukso liga.

Sunkesniais atvejais semaglutidas gali sukelti pankreatitą, tulžies akmenligę, ūminį inkstų pažeidimą, tinklainės pažeidimą ir padidėjusį širdies susitraukimų dažnį.

Žmonės, vartojantys semaglutidą, serga pankreatitu 4,6 karto dažniau nei vartojantys kitus svorio netekimo vaistus, be to, tai susiję su padidėjusiu gastroparezės dažniu.